Desde el fallecimiento de la Beata Rafaela en su casa familiar de La Cava, tanto sus hijos, como otros familiares, conocidos y las religiosas del Instituto Religioso de los Ángeles Custodios, trabajaron para ensalzar su obra y dar vida a su espíritu y sus virtudes, y así, inculcaron a sus descendientes y devotos el deseo de materializarlo en obras concretas. 

Fruto de la labor desinteresada de un grupo de personas unidas con el propósito de perpetuar y difundir el espíritu de la Beata en la asistencia, atención y formación de la infancia y juventud necesitada, surgió en 1972 el Patronato Beata Rafaela Ybarra de Vilallonga. 

Las nuevas generaciones han tomado el relevo de sus mayores, con el propósito de continuar esta iniciativa y desarrollar una labor más extensa e intensa. Para ello, se ha creado la FUNDACION BEATA RAFAELA YBARRA DE VILALLONGA el 23 de febrero de 2001, coincidiendo, esta fecha, con el término del Centenario de la marcha al cielo de la que es la primera y única mujer vizcaína en llegar a los altares. 

La fundación tiene su domicilio social en Bilbao, en "La Cava", sita en la Avenida de las Universidades número 10. Desarrolla sus actividades principalmente en el ámbito de la Comunidad Autónoma del País Vasco. 

Sus principales actividades consisten, además de la difusión de la vida, el espíritu y la obra de la Beata Rafaela Ybarra de Vilallonga, apoyar, promover y llevar a cabo obras de carácter benéfico social en ayuda de las familias y sirviendo al interés general mediante la cooperación y el desarrollo económico, social, educativo y cultural de las personas más desfavorecidas de la sociedad. 

No tiene finalidad lucrativa, ni política. Para el desarrollo de sus actividades se financia principalmente por cuotas de socios y colaboradores y donativos, no habiendo solicitado hasta la fecha ningún tipo de subvención a organismos oficiales ó públicos.