Nace en Bilbao en 1843 en el seno de una familia profundamente cristiana donde le inculcan las virtudes humanas que fueron la base de una vida excepcional. Se casó joven con D. José Vilallongay fue madre de siete hijos.

El despegue industrial de Bilbao y la riada de emigrantes atraídas por la oferta de trabajo facilita la degradación de la vida y la condición humana y moral de muchas de estas gentes. Surge entonces la figura de Rafaela Ybarra, que se rebela contra la injusticia, los abusos y los vicios creados por la prepotencia de la prosperidad. 

Con gran sensibilidad cristiana y social se entrega completamente a las principales víctimas de aquella sociedad: las jóvenes y niñas. Recoge de las calles a las más desfavorecidas creando Instituciones de acogida donde les proporciona todo aquello que la sociedad les niega: cariño, alimentación, educación, salud y amor.

En 1892 funda la Congregación de los Ángeles Custodios que hoy hacen vivo y presente, con más de 35 casas repartidas por España y América, uno de sus grandes mensajes “nunca os canséis de hacer el bien”.